Nuestra comida también tiene microbiota

Nuestra comida también tiene microbiota

Un equipo de científicos ha creado una gran base de datos con información de 10.899 microbios que han encontrado en nuestra comida, de los cuales la mitad de ellos eran desconocidos hasta ahora

Por Verónica Palomo, Consumer 21 de febrero de 2025

Al ingerir alimentos, también estamos comiéndonos los microbios que contienen. Como las personas, las verduras, las carnes o el pescado también tienen su microbiota —conjunto de microorganismos que viven dentro de ellos— y esta puede influir para bien o para mal en la nuestra. Desde hace algún tiempo los microbiólogos se centran en conocer en profundidad cada uno de estos microorganismos que son parte de la comida. Lo hacen con el objetivo de identificar —y poder controlar— a los patógenos (los que pueden producir enfermedades) y localizar los que son beneficiosos, es decir, aquellos que ayudan a mejorar la calidad y conservación de los alimentos y, en consecuencia, aportan salud a las personas.

Una enorme base de datos

Para conocer mejor estos microorganismos, un equipo internacional de investigadores ha desarrollado la denominada Curated Food Metagenomic Database (CFMD), la mayor base de datos del microbioma de la comida realizada hasta el momento. Para ello, han analizado los metagenomas (término científico para definir el material genético del conjunto de microorganismos de un ambiente) de cientos de alimentos, entre los que se encuentran carnes, lácteos y quesos españoles.

“Esta base de datos es importante porque ahora, a partir de un exhaustivo análisis de todas estas especies de microbios, permitirá identificar qué microorganismos y qué características se pueden aprovechar para elaborar alimentos funcionales o nuevos probióticos que aporten una amplia variedad de beneficios para la salud. Es el punto de partida para una nueva oleada de estudios en el que aprovecharemos al máximo la tecnología molecular disponible”, explica el coautor principal del estudio y microbiólogo Paul Cotter, del Teagasc Food Research Center en Cork (Irlanda).

Para este proyecto se ha analizado el genoma de 2.533 muestras de alimentos de España, Italia, Austria, Islandia e Irlanda. Para completar la base de datos, también se analizaron los resultados de otros estudios ya publicados, en los cuales se habían secuenciado alimentos de los cinco continentes.

El científico irlandés y los españoles Avelino Álvarez, del Departamento de Higiene y Tecnología de los Alimentos de la Universidad de León, e Inés Calvete de la Torre, investigadora del Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA-CSIC), participantes del estudio, destacan las conclusiones más importantes de este trabajo y las consecuencias que tendrá para los consumidores.

Una nueva tecnología: metagenómica

Esta base de datos es fruto del mayor estudio sobre la microbiota de los alimentos realizado hasta la fecha, un trabajo que ha podido realizarse gracias a una tecnología innovadora llamada metagenómica.

“En lugar de cultivar los microorganismos en el laboratorio para identificarlos y caracterizarlos, como se hace en los análisis clásicos de microbiología de alimentos, con la metagenómica se secuencia el ADN (o material genético) total del alimento. A partir de las secuencias obtenidas, se pueden conocer qué microorganismos están presentes en ellos, qué funciones desempeñan (por ejemplo, si hay algunos que son resistentes a los antibióticos o con capacidad para producir determinados compuestos de interés) e incluso reconstruir su genoma”, aclara el investigador Avelino Álvarez.

Este estudio ha demostrado la existencia de una enorme diversidad microbiana aún inexplorada en los alimentos que consumimos: se han encontrado en torno a 1.000 especies distintas. “La investigación identifica estas especies por primera vez y con ello abre vías a futuros trabajos que profundicen en el papel que tienen en la calidad y la seguridad de los alimentos que consumimos. También se ha demostrado que existen grupos microbianos asociados a categorías específicas de alimentos y que podrían ser utilizados como biomarcadores para la autentificación de productos en el mercado”, relata Álvarez.

“Esto significa que los resultados pueden ayudar a la hora de realizar estudios más precisos de los llamados alimentos fraudulentos”, añade Inés Calvete de la Torre. Es decir, de aquellos que mezclan productos con valor inferior para reducir coste, los que llevan sustancias no autorizadas o no declaradas en el producto, los que han sustituido ingredientes o imitan marcas o denominaciones de origen…

Productos españoles analizados

Dentro del proyecto, en España se analizaron quesos de Asturias y León y derivados cárnicos de productores leoneses, principalmente carnes curadas, como cecina, y embutidos, como chorizo o salchichón.

“En concreto, nosotros recogimos muestras en 28 queserías. Aunque todos los productos lácteos comparten una serie de microorganismos, entre ellos siempre hay diferencias debidas a su elaboración y manipulación. Cada alimento se diferencia de otro por medio de su microbiota y en este trabajo hemos visto que hay diferencias incluso entre productos lácteos dentro de una misma región de España”, relata Calvete de la Torre, que trabaja en el Instituto de Productos Lácteos de Asturias.

El grupo de investigación en la Universidad de León que dirige Avelino Álvarez, por su parte, se encargó fundamentalmente de la toma de muestras, secuenciación y análisis del microbioma en industrias del sector cárnico, aportando la información más detallada hasta el momento acerca de la composición microbiológica de estos productos. “En total, hemos reconstruido más de 1.000 genomas, sobre todo de bacterias ácido-lácticas y de grupos frecuentemente implicados en la alteración de la carne, como Pseudomonas, Psychrobacter o Brochothrix”, menciona el investigador.

“En productos cárnicos curados se identificaron cepas de Latilactobacillus sakei y Staphylococcus equorum, diferenciadas genómicamente en función de la fábrica de origen”, añade Álvarez. Esto sugiere que en las diferentes plantas en las que tiene lugar el procesado de la carne existen cepas específicas de estas dos especies de microorganismos que contribuyen a darle al producto final unos rasgos sensoriales peculiares.

No hay demasiados microbios dañinos

Todo este análisis tan detallado trajo consigo la agradable sorpresa de concluir que casi no había microorganismos indeseables en las muestras de alimentos analizadas. “Es cierto que la ausencia de bacterias patógenas indica la buena calidad higiénico-sanitaria de los alimentos comercializados. No obstante, la metagenómica habitualmente aporta información sobre aquellos grupos microbianos más abundantes (con mayor concentración) y las bacterias patógenas, cuando están presentes, lo están habitualmente a bajas concentraciones”, aclara el investigador de la Universidad de León.

Somos lo que comemos

La dieta es uno de los posibles orígenes de los microorganismos que colonizan nuestro tracto gastrointestinal y modulan nuestra salud. Otros son la transmisión madre-hijo o la transmisión interpersonal. En el estudio se encontró que las especies microbianas asociadas a los alimentos representan en torno a un 3 % de las especies que componen la microbiota de los adultos y más del 50 % de la de los recién nacidos.

“La cifra del 3 % puede parecer poco, pero representa una fracción considerable del microbioma humano y también un patrón evolutivo importante a través del cual nuestro microbioma podría haberse desarrollado a lo largo de los milenios”, explica Álvarez.

¿Y por qué representan más de la mitad de la microbiota de los bebés? “Los recién nacidos tienen un microbioma menos diverso, en el que predominan unas pocas especies microbianas de origen materno, como las bifidobacterias, que llegan a través de la lactancia. La microbiota de un adulto es más diversa y está dominada por diversos grupos microbianos que no suelen estar presentes en alimentos”, comenta Inés Calvete.

El desafío de la resistencia bacteriana

Por último, este proyecto también analizó la resistencia a los antibióticos de estos microorganismos. “A través de nuestra investigación fue posible encontrar en qué patógenos eran más comunes los genes de resistencia a los antibióticos y también identificar las fuentes potenciales que dieron lugar a su presencia en determinados alimentos”, asegura Paul Cotter. Esto puede suponer un gran avance en la lucha contra uno de los grandes desafíos para la salud: la resistencia bacteriana.