Nuevo estudio: los antibióticos pueden alterar nuestra microbiota durante años

Nuevo estudio: los antibióticos pueden alterar nuestra microbiota durante años

Publicado en The Conversation el  23 abril 2026 18:16 CEST

Cuando tomamos un antibiótico, sabemos que estamos eliminando las bacterias “malas” que nos causan enfermedades. Para eso los usamos, para curar dolencias infecciosas que pueden incluso ser mortales. Lo que muchas veces olvidamos es que también estamos alterando profundamente a las bacterias “buenas” que viven en nuestro intestino: ese complejo ecosistema de miles de especies distintas, la microbiota intestinal.

Una microbiota abundante y diversa está relacionada con un buen estado de salud. Por el contrario, el uso recurrente y prolongado de antibióticos se asocia con un mayor riesgo de obesidad, diabetes tipo 2, enfermedad cardiovascular o cáncer colorrectal.

Sabemos que unos días después de un ciclo de antibióticos orales, ocurre una drástica alteración en el microbioma intestinal: se reduce la diversidad de especies bacterianas y la riqueza de genes microbianos. Por ejemplo, se ha descrito una mayor presencia de potenciales patógenos como Escherichia coli y una menor abundancia de géneros como Dialister, Veillonella y Eubacterium, un enriquecimiento de genes de resistencia antimicrobiana y un mayor riesgo de infección por Clostridioides difficile.

¿Cuánto dura el efecto de los antibióticos en el microbioma intestinal?

Aunque los efectos antimicrobianos a corto plazo son bien conocidos, no se han realizado investigaciones poblacionales a gran escala que examinen sus consecuencias con un horizonte más amplio. La gran pregunta es: ¿cuánto duran esas consecuencias del consumo de antibióticos sobre el microbioma intestinal? Un estudio reciente publicado en Nature Medicine aporta una respuesta sorprendente: los efectos pueden prolongarse hasta 8 años.

Los investigadores hicieron un estudio a lo grande: analizaron el microbioma intestinal de muestras de heces de 14 979 adultos en Suecia y cruzaron esos datos con la información del Registro Nacional de Medicamentos –que recoge todos los antibióticos y otros medicamentos recetados a pacientes ambulatorios en ese país– para comprobar qué pasaba en el microbioma intestinal durante 8 años.

La técnica empleada de metagenómica de secuenciación profunda permite identificar las bacterias a nivel de especie. Esto es importante: no se trata de ver si hay más o menos bacterias, sino exactamente de quién está ahí. Así, se pudieron analizar alrededor de 1 340 especies bacterianas distintas.

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El análisis demostró que los antibióticos reducen la diversidad bacteriana. El efecto más drástico ocurrió en el primer año tras el uso de los fármacos, pero el impacto aún era detectable hasta entre 4 y 8 años después de tomarlos, en un 10-15 % de las especies bacterianas.

No todos los antibióticos afectan por igual

Uno de los puntos más interesantes del estudio es que no todos los antibióticos afectan igual a la microbiota. Los más agresivos fueron la clindamicina, las fluoroquinolonas y la flucloxacilina. Por ejemplo, un solo tratamiento con clindamicina se asoció con la pérdida de hasta 47 especies bacterianas.

La clindamicina inhibe la síntesis de proteínas al unirse al ribosoma bacteriano. Se emplea especialmente para tratar infecciones graves causadas por bacterias anaerobias y Gram positivas. En segundo lugar, las fluoroquinolonas son antibióticos de amplio espectro que inhiben la replicación del ADN al bloquear la enzima ADN girasa bacteriana. Son usadas para tratar infecciones graves urinarias y respiratorias. Y, por último, la flucloxacilina es una penicilina de espectro reducido que actúa contra algunas bacterias Gram positivas.

En cambio, otros bactericidas más comunes (como algunas penicilinas de amplio espectro y la nitrofurantoína) tuvieron efectos mucho más suaves. La mayoría de los antibióticos disminuían la abundancia bacteriana, mientras que algunos favorecían la aparición de patógenos oportunistas. En este caso, más es menos: cuantos más cursos de tratamiento con antibióticos, menor fue la diversidad bacteriana.

Una recuperación completa podría tardar años

Otro hallazgo interesante consistió en observar que la microbiota no se recupera del todo. Hasta ahora se pensaba que la comunidad microbiana vuelve a la “normalidad” después del tratamiento con antibióticos. Pero este estudio revela que, aunque la recuperación fue rápida en los primeros meses, después es lenta e incompleta y no siempre se recobra exactamente el estado original.

Una recuperación completa podría tardar años, según el tipo de antibiótico. Cuanto mayor sea el efecto negativo en la biodiversidad bacteriana, más tiempo se tardará en recuperar la microbiota previa. En algunos casos, incluso, se llega a un nuevo ecosistema en equilibrio diferente al original.

Por otra parte, no hace falta tomar muchos antibióticos: una sola tanda puede tener efectos detectables años después. Esto cambia bastante la narrativa clásica de “por una vez no pasa nada”. Algunos de estos medicamentos tienen un mayor efecto en mujeres, quizá por factores hormonales.

Muchas de las bacterias que cambian están relacionadas con la obesidad, la diabetes tipo 2, enfermedades cardiovasculares o enfermedad inflamatoria intestinal. Ojo: esto no significa que los antibióticos causen estas enfermedades directamente, pero sí que pueden influir en el ecosistema microbiano que las modula.

Entonces… ¿debemos dejar de usar antibióticos?

No. Y esto es clave: los antibióticos salvan vidas y son imprescindibles en infecciones bacterianas. Aunque este estudio se ha hecho solo en Suecia, donde el uso de estos fármacos está muy restringido y se registra un bajo nivel de resistencia de las bacterias a sus efectos, los resultados refuerzan algo muy importante: hay que usarlos mejor, no más. Hay que evitar su administración innecesaria, elegir el medicamento adecuado y no prolongar tratamientos sin motivo.

Recetar antibióticos de forma precisa ya no sirve solo para combatir la resistencia antimicrobiana, sino para preservar la biodiversidad del ecosistema intestinal del paciente y sus consecuencias en la salud metabólica y gastrointestinal a largo plazo.